Pallatom2技术报告发布

自然演化塑造了丰富的蛋白质世界，而分子设计让我们有机会驶向自然尚未抵达的疆域。 我们在最新发布的技术报告中介绍Pallatom2:以Atom-to-Atom建模为引擎，将设计航线从长链蛋白、多结构域与对称组装，延伸至靶点识别和D型分子，打开更广阔的蛋白质宇宙。 在报告比较的九个靶点上，均取得最高计算筛选通过率。 C3–C10对称组装：从原子尺度驶向更大架构。 十个靶点210个候选完成BLI检测，112个有活性，阳性率为53.3%； 十个靶点均获得活性设计，六个达到皮摩尔级表观亲和力。

这些候选来自每靶点728–2,400次采样。 在与Claude公开结果的六个共同靶点对比中，五个靶点的KD中位数更低，四个靶点的最低KD更低。 沿着已有识别界面，设计可以驶向新的序列空间。 以BC40界面几何引导的structural fast-follow，在六个BCMA设计中获得五个活性分子； 它们与起点的序列同一性仅为12.5%–37.3%，最优表观KD达252.1 pM。 Partial diffusion将TNFα起始设计的亲和力最高提升7.57倍。

界面重塑还让一个无活性nanobody获得了4.31 nM和5.93 nM的两个活性变体。 航程也延伸到了手性维度：Pallatom2展示了D型binder的计算设计结果。 将AF3预测的L型对应结构镜像后，与设计D型结构的主链RMSD为0.65–0.95 Å。 手性由此成为设计空间中的另一维坐标。 以原子为坐标，以实验为落点，Pallatom2正将蛋白质设计的航线延伸至更广阔的分子宇宙。